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当部門で受け入れ可能な主な実験・解析

  1. RNA-seq 通常プラン (学内 27,500円/検体、学外 37,150円/検体)

  2. RNA-seq 中・上級者向け格安プラン (学内 19,250円/検体、学外 25,020円/検体)

  3. ChIP-seq　(学内 29,330円/検体、学外 38,700円/検体)

  4. ​バイオインフォマティクス解析支援 (学内 1,790円/検体、学外 2,350円/検体)

  5. ​実験ロボット「マホロ」を用いたマウスのジェノタイピング                                                                    (学内 1,000円/検体、学外 4,010円/検体)

  6. シングルセルRNAシーケンスのデータ解析 (無償トライアル実施中)

RNA-seq 通常プラン 詳細

  • 当ラボのRNAseq解析は、筑波大学オープンファシリティシステムを通してお申し込みが可能です。

  • 学内者専用：オープンファシリティシステムへのリンク

  • ​学外の方専用：オープンファシリティシステムへのリンク

  • mRNA-seq解析が基本となりますが、RNA分解が認められる場合Total RNA-seq解析を推奨しています。

  • mRNA-seq解析1検体当たり、27,500円（学内料金）、37,150円（学外料金）となっています。

  • ​RNA抽出作業からご依頼いただけます。料金は変わりません。

  • その他、オーダーメイドのシーケンス解析も受け付けています。ご希望をお問い合わせいただければ対応可能かどうか返答いたします。

  • プラス4000円（試薬代）/検体でtotal RNA-seqも受け付けております。

  • 依頼者様は組織、もしくは抽出したTotal RNAをドライアイスに詰めて冷凍便で送るだけです。一か月程度で解析データを依頼者様にお返ししています。

サンプル提出ガイドライン

  • 以下の要件を満たすRNAをドライアイスに詰めて冷凍便でお送りください。

　　①Total RNA 100ng /μl 以上の濃度で、Total vol. 3～4μg以上

　　　 (Total RNA100ng/ulの濃度の場合30-40ul以上)

　　②A260/230nm: 1.6以上

　　③A260/280nm: 1.8以上

  • ​組織の場合は、ドライアイスに詰めて冷凍便で発送するか、RNAlaterに漬けた組織を冷蔵もしくは冷凍便でお送りください。

  • ​学内であれば直接持参していただいても結構です。

  • ​注意：お送りいただいたサンプルの返送は行っていません。

​

​検体受け取り～当ラボでの作業

20210901更新.png

次世代シーケンサー・条件

  • NextSeq 500を利用します。

  • ​ペアエンドリードで1サンプル当たり2000万リード程度取得

バイオインフォマティクス解析

  • 当ラボのバイオインフォマティクス解析専用のハイスペックPCでデータ解析を行います。

  • ​マッピング、発現定量値 (RPKM or TPM) 算出、有意差解析、クラスタリング解析を含むヒートマップ作製、パスウェイ解析などのデータ解析を行います。

  • ​解析データは分かりやすくまとめ、依頼者へUSBデータとしてお返します。

  • データ解析をご自身でも行えるようにサポートいたします (最近は世界中の研究者が素晴らしweb解析ツールを開発してくれています。)

  • ​当ラボで行う基本的な解析のデモデータを以下にしまします。

heat map.jpg

クラスタリング解析・ヒートマップ

heat map and BP.png

クラスタリング解析・パスウェイ解析

PCA.jpg

PCA プロット

発現定量.png

個々のサンプルにおける各遺伝子の発現定量値の算出 (RPKM or TPM)

価格・支払い等

  • ​学内の方はオープンファシリティシステム上から請求が来ます。

  • ​学外の方は、本学のオープンファシリティシステムへの利用申請が必須となります。詳しくはお気軽にお問い合わせください。

  • 納期は1か月程度を目途にしていますが、検体の混み具合で変動いたします。

  • ​その他ご不明な点は以下問い合わせフォームか、E-mailでお気軽にお問い合わせください。

RNA-seq 中級・上級者向け格安プラン 詳細

依頼者様に、RNA抽出～クオリティ確認～濃度調整まで行っていただく事で、コストを抑えたプランになります。基本的に哺乳類細胞や真核生物のmRNA-seqの適応になりますが、原核生物の場合は要相談としています。19,250円（学内料金）、25,020円（学外料金）となります。公的サービスのため消費税はかかりません。依頼者様は以下の条件を厳守しサンプルの提出をお願いいたします。　　　　　　　　　　　　

  1. RNA抽出・精製後Nanodropで濃度を測定し、A260/230nm: 1.6以上、A260/280nm: 1.8以上となっている事をご確認ください。

  2. 通常の電気泳動（DNA電気泳動と同じアガロースゲル、TAE buffer）もしくはバイオアナライザーで全てのサンプルでRNA分解が見られない、または軽度であることをご確認ください。電気泳動の場合は28s/18sの比が1.6～1.8ぐらいが最適 あり、スメアがない事を確認ください。バイオアナライザーの場合はRIN値7以上を推奨します。

  3. RNAを100ng/ulに合わせ、総量で3～4ugのRNAが残っている事をご確認ください。

  4. 上記のRNAサンプルをご提出ください。

  5. 補足：上記のRNA総量よりも少ない場合でも対応可能ですが、ライブラリー作成が失敗してしまうリスクが高くなることをご承知おきください。その他不明点はお問い合わせください。データ解析の頻回なサポートが必要な場合はスポーツ医学分析部門との共同研究という位置づけで進めさせていただければと思います（最終的には依頼者様のご意向に沿った形で問題ありません）。

オフィス・ラボ:

〒305-8577

茨城県つくば市天王台1-1-1

医学系学系棟236号室

筑波大学 医学医療系 臨床検査医学/スポーツ医学研究室

RNA-seq 解析チーム 担当 菅澤

Tel : 029-853-3274

E-mail: t-sugasawa "at" md.tsukuba.ac.jp

問い合わせフォーム

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24時間以内に返信いたします。

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